ソースを見てるとなんとなく分かってきますが、公式的なものはEC-CUBE Tracサイトの「EC-CUBE標準規約」にあります。
このサイトには他にもカスタマイズの基本的な情報などがあります。
このサイト自体見つけにくいので、しばらく知らないでやってました。（現在、コミュニティサイトやマニュアルサイトからはリンクはなく、EC-CUBEのダウンロードページにリンクがあります）
最近では、マニュアルサイトに「開発ガイドライン（株式会社SRA 制作）」が公開されていて、その中にも命名規約、コーディング規約があります。
こちらの方は、内容がより細かくなってるみたいです。
ただ、現在のEC-CUBEのソースを見てみると、必ずしも全てこれらの規約に従っているわけではないようです。